In Wien geboren, studierte Elisabeth Sobotka an der Universität ihrer Heimatstadt Musik- und Theaterwissenschaft, Publizistik und BWL. An der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Wien absolvierte sie den Lehrgang für Kulturelles Management und war bereits während ihrer Ausbildung im Konzertreferat und im Künstlerischen Betriebsbüro der Salzburger Festspiele tätig. In der Saison 1990/1991 arbeitete sie in Wien im Betriebsbüro der Jeunesse – Musikalische Jugend Österreichs bevor sie 1992 als Leiterin der Künstlerischen Produktion an die Oper Leipzig wechselte. In den Jahren 1994 bis 2002 war sie Chefdisponentin und Betriebsdirektorin der Wiener Staatsoper. Von 2002 bis Ende 2007 hatte sie an der Staatsoper Unter den Linden Berlin die Position der Operndirektorin inne. Ab September 2009 stand sie der Oper Graz als Geschäftsführende Intendantin vor. Seit Januar 2015 ist sie Intendantin der Bregenzer Festspiele, zudem ist sie Mitglied des Stiftungsrates der Stiftung Oper in Berlin.