Johannes Knecht stammt aus Speyer am Rhein. Er studierte Musik- und Literaturwissenschaften in Saarbrücken, Violine, Klavier und Dirigieren in Mannheim und Köln. Neben solistischer und kammermusikalischer Tätigkeit war er Mitglied verschiedener Orchester, so z.B. der Bayerischen Kammerphilharmonie und dem Orchester des Pfalztheaters Kaiserslautern.

1993 wurde er als Dirigent ans Stadttheater Pforzheim engagiert. Sein Weg führte ihn über Coburg nach Wuppertal, wo er als Chordirektor und Kapellmeister am Schillertheater bis zum Jahr 2001 tätig war. Seit 2001 ist Johannes Knecht stellvertretender Chordirektor an der Staatsoper Stuttgart.

Gastengagements verbinden ihn mit verschiedenen Rundfunkchören, der Württembergischen Philharmonie Reutlingen, den Stuttgarter Philharmonikern sowie der Bachakademie Stuttgart.

Seit 2003 ist er künstlerischer Leiter des Philharmonia Chores Stuttgart. Das Spektrum seiner Arbeit mit diesem Ensemble reicht vom a cappella-Gesang bis zu den großbesetzten chorsinfonischen Werken vom Barock bis zur Moderne. Rundfunk- und CD-Aufnahmen dokumentieren seine Arbeit.

Seine Kompositionen für Kinderchor sind im Carus Verlag veröffentlicht.

Seit 2009 ist Johannes Knecht Professor für Oratorienleitung und Vokalensemble an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Stuttgart.