Hans-Jakob Zimmer studierte Schulmusik, Musikwissenschaft und Romanistik in Stuttgart, Tübingen und Madrid. Seine Staatsexamensarbeit „Barockmusik in den Jesuitenmissionen von Chiquitos/Bolivien“ wurde 2008 vom DAAD gefördert. Er promovierte im Fach Musikwissenschaft an der Staatlichen Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Stuttgart mit einer Arbeit zur Musikgeschichte Brasiliens im 19. Jahrhundert und war Gastwissenschaftler an der Escola de Música da Universidade Federal do Rio de Janeiro.