In der ursprünglichen Konzeption des Orgelensembles war keine Orgel speziell für die Interpretation der Musik J. S. Bachs vorgesehen, weil es so etwas wie „die“ Bach-Orgel nicht gibt und weil die norddeutsche und die französische Orgel die Musik Bachs auch relativ gut darstellen lassen. Im Gefolge der deutschen Wiedervereinigung wuchs jedoch das Bewusstsein für die spezifischen Eigentümlichkeiten der mitteldeutschen Orgellandschaft, in der Bach grossgeworden ist. Glücklicherweise wurde es 2006 möglich, in einem ausreichend grossen Raum im zweiten Bauabschnitt eine Orgel zu erstellen, welche diese Lücke schliesst, die, wie sich mittlerweile gezeigt hat, doch gravierender war als anfangs angenommen.

Der Klangaufbau dieser „Bach-Orgel“ ist wesentlich inspiriert von dem 1703 von Johann ??? Wender in der Arnstädter Bonifatiuskirche erbauten Instrument, dessen erster Organist Bach war und an welchem dieser seine Orgelästhetik entscheidend entwickelt hat. Zu diesem thüringischen Kern treten einige sächsische Elemente, deutlich ablesbar auch am äusseren Erscheinungsbild des Prospektes, die verbunden sind mit dem Werk des berühmtesten sächsischen Orgelbauers, Gottfried Silbermann. Insofern ist diese Orgel tatsächlich eine Cousine der französischen Orgel, denn Gottfried war der jüngere Bruder des Andreas Silbermann, erhielt bei diesem seine Ausbildung als Orgelbauer und importierte in der Folge französische Stilelemente nach Mitteldeutschland.

Der Bau dieser Orgel war eine ganz besondere Herausforderung. Die meisten mitteldeutschen Barockorgeln sind ausgesprochen kräftig, denn sie mussten einen kraftvollen Gemeindegesang führen und begleiten können. Das Anpassen einer solchen Klanglichkeit an einen doch relativ kleinen Unterrichtsraum war eine schwierige Aufgabe, die die Dresdener Orgelbauwerkstatt Kristian Wegscheider auch hinsichtlich der voluminösen Register wie Trompete und Posaune fulminant gelöst hat. Aber dank ihrer thüringischen Gene hat die Orgel auch eine grosse Zahl delikater Pastellfarben, und so ist sie letztlich noch subtiler als die elsässische Cousine.