Jens Dufner studierte Musikwissenschaft, Romanistik / Italienische Philologie und Slavistik an der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn sowie an der Universität zu Köln. Er schloss das Studium 1999 in Bonn als Magister artium mit einer Arbeit zu Franz Schuberts Symphoniefragment E-Dur D 729 ab und wurde 2012 in Köln mit einer Dissertation zu Joseph Martin Kraus und dessen Oper Æeneas i Carthago promoviert.

Dufner ist seit 1998 im Beethoven-Archiv beschäftigt, seit 2004 als wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Beethoven-Gesamtausgabe. Dort hat er u.a. eine historisch-kritische Edition der 5. und 6. Symphonie Beethovens herausgegeben. Derzeitiges Hauptprojekt ist die Edition der Klaviertrios. Jens Dufner ist ferner Sprecher der Fachgruppe Freie Forschungsinstitute innerhalb der Gesellschaft für Musikforschung.