Marion Eckstein wuchs an der Mosel auf und absolvierte in Stuttgart das Studium der Germanistik und Schulmusik, bevor sie sich ganz dem Gesang zuwandte. Ihr Studium in den Gesangsklassen von Professor Julia Hamari und Professor Dunja Vejzovic schloss sie mit Auszeichnung ab und erhielt ein Stipendium des Internationalen Richard-Wagner-Verbandes.

Als Konzertsängerin machte sich die Altistin einen Namen auf den großen europäischen Musikpodien und Festspielen, so in Berlin, Hamburg, Wien, Amsterdam, München, Stuttgart und Zürich. Renommierte Dirigenten wie beispielsweise Ivor Bolton, Rafael Frühbeck de Burgos, Enoch zu Guttenberg, René Jacobs, Gustav Kuhn, Helmuth Rilling, Jukka-Pekka Saraste und Yutaka Sado versicherten sich ihrer Ausdruckstiefe und stilistischen Vielseitigkeit. Diese reicht von frühbarocker Literatur über die großen Oratorien J. S. Bachs und G. Händels bis hin zum romantischen Repertoire. So feierte sie Erfolge mit Brahms` Alt-Rhapsodie in der Münchner Philharmonie, mit den Kindertotenliedern von Gustav Mahler im Berliner Konzerthaus, und Beethovens 9. Sinfonie mit dem WDR in Japan und China und mit Verdis Requiem. Darüber hinaus wirkt sie regelmäßig bei Uraufführungen zeitgenössischer Musik, darunter auch ihr gewidmeter Werke mit.
Partner sind dabei beispielsweise das European Chamber Orchestra, das Freiburger Barockorchester, Concerto Köln, die Orchester des Gewandhauses und der Züricher Tonhalle, sowie die Rundfunkorchester des WDR und SR.

Eine langjährige Zusammenarbeit verbindet Marion Eckstein mit dem Dirigenten Thomas Hengelbrock, unter dessen Leitung sie unter anderem in Bachs h-moll-Messe beim Bachfest Leipzig, in der Zürcher Tonhalle in Mendelssohns Walpurgisnacht und den Altpart im Elias im Gewandhaus Leipzig. Eine szenische Realisation von Purcells Dido and Aeneas unter seiner Leitung führte Marion Eckstein zu den Salzburger Festspielen, dem Rheingau Musikfestival und nach Hamburg. Im Teatro Real Madrid sang sie die Stimme von oben und Blumenmädchen in der vielbeachteten historisch informierten Aufführung von Wagners Parsifal.

Wiederholt war sie bei den Tiroler Festspielen Erl in Wagners Ring zu hören, in Aachen als Principessa in G. Puccinis Suor Angelica und am Staatstheater Wiesbaden war sie die Bradamante in Händels Alcina unter der Leitung von Konrad Junghänel, der sie erneut für die Trigonale 2019 als Storge in Händels Jephta verpflichtete.

Marion Ecksteins besondere Liebe gilt dem Liedgesang – Ulrich Eisenlohr und Stefan Leihenseder gehören zu ihren langjährigen musikalischen Partnern, ebenso wie das Linos-Ensemble, mit dem sie Mahlers Kindertotenlieder unter anderem auf einer Europa-Tournee sang.
Marion Ecksteins vielseitiges Repertoire dokumentieren neben zahlreichen Rundfunkaufnahmen auch ihre CD-Einspielungen. Darunter seien Telemanns Messias, Händels Messias, Mozarts Requiem, Weihnachtskantaten von Charpentier erwähnt; die CD Lotti-Zelenka-Bach des Labels harmonia mundi wurde mit dem begehrten Gramophone Award in der Kategorie „Baroque-vocal” ausgezeichnet. Weiterhin hervorzuheben ist im romantischen Repertoire die Aufnahme mit dem Linos-Ensemble von Gustav Mahlers Kindertotenliedern für das Label Capriccio.